海關對保稅工廠的管理採分級制度,目前作業係由保稅工廠依據分級考評計分原則,自每年5月1日起2個月內,以上一年度(曆年制1月至12月)之資料填具「海關管理保稅工廠分級考評表」並檢附有關文件送交監管海關審核。
依據海關管理保稅工廠辦法第29條規定,保稅工廠不得將非保稅原料及非自用機器、設備列為保稅物品報運進口,如有誤列,應於放行之翌日起30日內繕具報單,向監管海關申請補繳進口稅捐。如未依上開規定期限繕具補稅報單並檢附相關文件辦理通關手續者,海關得依同辦法第51條規定予以警告並限期改正或處新臺幣6000元以上3萬元以下罰鍰。臺北關近日查得保稅工廠業者誤將非保稅原料列為保稅物品報運進口,且逾期辦理補稅通關手續,依上開規定予以處分。