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財政部北區國稅局表示，醫療財團法人係屬所得稅法第11條第4項規定之教育、文化、公益慈善機關或團體，若符合行政院發布之「教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準」(下稱免稅標準)者，除銷售貨物或勞務之所得，應依上開免稅標準第3條第1項規定課徵所得稅外，免納所得稅；其銷售貨物或勞務之虧損，可比照公司組織之營利事業，如符合所得稅法第39條但書規定，得自以後10年度銷售貨物或勞務之所得中扣除。

財政部中區國稅局表示，經主管教育行政機關許可設立之學校財團法人或財團法人私立學校（以下簡稱私立學校）提供教育勞務之所得，係屬銷售勞務範疇；前開教育勞務包括辦理教學、實習、研究、提供必要之設備供學生使用、接受工商企業委託代辦各項研究或試驗收取代價等活動。

財政部北區國稅局表示，依教育文化公益慈善機關或團體免納所得稅適用標準(下稱免稅標準)第2條第1項第5款規定，機關團體其基金及各項收入之運用，除零用金外，均應存放於金融機構，或購買公債、公司債、金融債券、國庫券、可轉讓之銀行定期存單、銀行承兌匯票、銀行或票券金融公司保證發行之商業本票、上市、上櫃公司股票或國內證券投資信託公司發行的受益憑證，或運用於其他經主管機關核准的項目。